平常我们进行的「捅鼻子」「捅嗓子」取样和后续的定性是第一部分 。在取得标本之后 ， 因为病毒量太少 ， 样本会在实验室中进行一定次数的扩增 ， 并根据荧光反应结果来判定阳性阴性 。第二部分 ， 确定为阳性的样本 ， 还需要通过基因测序 ， 确定样本病毒的分型 ， 以便溯源 。这一步已经不属于日常筛查的范畴 ， 但在流行病学调查上具有重大意义 ， 如果有兴趣了解 ， 可以参看 Wikipedia 简要了解 。
我们平常参与的作为筛查工具的核酸检测 ， 指的就是采集到定性的第一部分 。在感染了 SARS-CoV-2 之后 ， 咽拭子、痰、下呼吸道分泌物、血液等标本中均可发现病毒核酸 。不同部分标本核酸检测的阳性率有一定差异 ， 随着病程进展 ， 各个部位的检出率也会发生变化 。我们习惯称呼的「鼻拭子」与「咽拭子」 ， 其实都是采集咽腔后壁的分泌物与组织 ， 前者采集鼻咽 ， 后者采集口咽 。
也有采用其他标准的 ， 比如唾液等亦可作为检测标本 ， 本质上也是不同地区规定有差异鼻（咽）拭子与（口）咽拭子已经是综合了阳性率与便利程度的考量 。粪便和尿液等其实也可以作为标本采集的对象 。而且根据一项对 31 例患者的研究 ， 肛拭子的准确率要高于鼻咽与口咽采样 ， 尤其病程后期 ， 肛拭子确诊病例的鼻拭子阳性率不到 30% 。
4但显然 ， 由于操作的限制 ， 它无法作为早期筛查的首选手段 。接下来的工作 ， 就是从获取的那一点点标本中提取核酸 。由于样本中病毒的数量级很小 ， 不足以拿来分析 ， 还需要将其扩增并标记 。
需要用到的同样是高中学过的知识：聚合酶链式反应（PCR）——这一步看起来麻烦 ， 但由于它的原理和工序已经研究成熟 ， 实际操作中只需要加好试剂送机器 ， 整个核酸检测的过程里最麻烦的还是让待测者安安分分弄来标本（笑） 。各地疾控机构或检测中心会采购合适的核酸提取试剂盒与核酸检测试剂盒。提取试剂盒负责将 RNA 从混杂的样本（细胞碎屑、分泌物、灰尘等杂质）中提取出来 ， 常见的有磁珠法、离心柱法和释放剂法 ， 不同提取方法可能对后期检测的准确度略有影响。之后 ， 提纯出的 RNA 就会移交给检测试剂盒（也有一些试剂盒将两者合一） ， 进行之后的工序 。
检测试剂盒带着样本在机器中进行的过程 ， 就是这个检测中最主要的反应：RT-qPCR（实时定量逆转录聚合酶链反应） 。接下来需要你捡起高中生物的知识 。一般的 PCR 反应有以下几步：加热：让双链 DNA 解旋变形 ， 成为两条单链；退火：让混合的单链 DNA 与根据需要复制的片段而设计好的引物结合；延伸：调整温度 ， 让 DNA 聚合酶顺着引物开始工作 ， 复制出新链 ， 形成新的双链 。
在对病毒的探测中 ， 我们要做的工作也无非上面几步 ， 只是需要多出两样东西：在第一次反应之前 ， 使用逆转录酶（依赖 RNA 的 DNA 聚合酶） ， 合成病毒单链 RNA 的互补链 ， 组合成cDNA；在退火与延伸的阶段 ， 除了引物和所需的酶外 ， 还需要TaqMan 探针。你可以把 TaqMan 探针这样理解：它的主体部分是一段寡核苷酸链 ， 被设计成能和一小部分需要复制的基因片段配对成双链的样子；它一端接了一个荧光分子 ， 另一端接了一个开关（淬灭基团） ， 两者和探针相连时 ， 荧光就会被淬灭基团压制 ， 探测不到 。退火时 ， 这个探针会和引物一起结合在要复制的单链片段上 。在延伸的过程中 ， DNA 聚合酶会把挡在面前的障碍物切碎 ， 其中就包括这段探针 ， 淬灭基团和荧光分子就这样分离 ， 荧光就表现出来 。
随着循环数的增多 ， 扩增的 DNA 片段和荧光也越来越多 。对比每个循环的荧光亮度和前若干次循环的基准亮度 ， 我们就能得出目前的 DNA 片段量 ， 也可以直接用循环数和荧光亮度做定性的判断 。那么具体复制哪一部分呢？既然要探测病毒 ， 那我们就选取最有代表性的核酸片段 。
现行的标准中 ， ORF 基因与 N 基因是常用的检测位点 。检测试剂盒负责的就是将提取出的 RNA（样本）? 。

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