桓玄消灭殷仲堪，除掉司马元显，逐渐成为东晋权臣公元399年

公元399年，桓玄消灭了殷仲堪，杨佺期后，独自霸占了荆州和雍州，于是他又上表东晋政府，要求领荆、雍二州。东晋朝廷以桓玄都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州及扬、豫八郡诸军事，荆、江二州刺史。
桓玄势力日盛，俨然一副土皇帝的模样，桓玄任命其兄桓伟为雍州刺史，其侄桓振为淮南太守，东晋朝廷只能答应，桓玄成为东晋西部权势最大的实力派。

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随着势力越来越大，桓玄的野心也越来越大，他想乘机控制京师，于是上疏东晋朝廷以讨贼寇孙恩为名，想要率兵东进。司马元显知道桓玄的意图，于是以皇帝的名义下诏不让桓玄东进，桓玄只好收兵。
之后桓玄趁机在西边扩大自己的势力，他派遣部将皇甫敷、冯该戍守湓口（今江西省九江市西北），移沮、漳（今湖北省南漳、宜昌、蛮河流域一带）2000户于江南，又新设武宁郡（今湖北省荆门县西北）、绥安郡（今湖北省沔阳县西南）以召集安置流民、增加税收和兵源。
【桓玄消灭殷仲堪，除掉司马元显，逐渐成为东晋权臣】桓玄的地盘越来越大，势力也越来越强，他自以为东晋的天下自己已经占据三分之二了，于是就想控制东晋的政权，于是桓玄给司马道子，司马元显父子二人写了一封信，意思就是说我想要进京夺权了，你们看着办。
司马元显，司马道子二人看完书信后感到深深地恐惧，于是问下属张法顺该怎么办？张法顺觉得桓玄刚得到荆州和雍州，还不能将其完全消化，应该派大军征讨桓玄。

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司马元显觉得张法顺说的有道理，于是在元兴元年（402年）的正月，自任征讨大都督讨伐桓玄，但刘牢之对讨伐桓玄并不情愿。
张法顺对司马元显说:“桓谦在长江上游很久了，可以让刘牢之杀了桓谦兄弟，来表示他没有二心，如果刘牢之不接受命令就杀了他。 ”
司马元显没有听从他的意见，接着说出了他的理由：“现在只有刘牢之能够抵挡住桓玄，而且还没有来事打仗就诛杀大将，人心不安。桓氏对荆州的人民有恩惠，让桓谦作为都督四州诸军事，荆州刺史，是想要得到西边的人心。 ”随后带军西讨桓玄。
桓玄原本以为朝廷应对孙恩之乱，无暇西征，当其兄桓石生将朝廷已出兵的信息密告桓玄时，桓玄大吃一惊，想要召集诸军保卫江陵。这时他的长史卞范之说道：“您的英名威震天下，司马元显不过一个小儿，刘牢之不得人心，如果我们出兵到了建康，朝廷则会安于自保，到时候我们就处于主动了。 ”

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桓玄听后表示赞赏，他接受了卞范之的意见，发布檄文，宣布司马元显的罪行，举兵东下。
桓玄大军从荆州出发，越过寻阳，还是没有看到东晋军队来迎击，顿时士气大振。朝廷没有办法，想假借皇帝之名让齐王司马柔之持驺虞幡到荆、雍二州及军中展示，昭告桓玄军停止军事行动。桓玄此时可不管什么皇帝的命令，他杀司马柔之，继续带兵东进，到了姑孰
今安徽省当涂县，桓玄派遣他的大将冯该攻历阳（今安徽省和县），襄城太守司马休之据城固守，桓玄率军切断通往洞浦（安徽省和县境内）的道路，火烧豫州船舰，大获全胜。
晋军守将投降的投降，逃跑的逃跑，军队溃散。司马元显原本主要依靠北府军将领刘牢之来御敌，但刘牢之对司马元显十分不满，害怕自己击退桓玄后，司马元显更加嚣张，也害怕自己的功名越盛越为司马元显所不容，所以刘牢之虽有强大的军队却不肯去打桓玄。

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此时的司马元显是愁上愁，于是借酒消愁，日夜皆醉，刘牢之想要见他都见不到。刘牢之驻军溧州（今江苏省南京市西南），他的参军刘裕请击攻击桓玄，刘牢之不同意。桓玄派刘牢之的舅父何穆劝说刘牢之倒戈，并承诺永保其富贵，刘牢之同意。
刘牢之的外甥何无忌和刘裕听说后，力谏刘牢之不要倒戈，但是刘牢之不听。刘牢之的儿子刘敬宣也对他说:“如果桓玄攻进建康，将是一场灾难，当年董卓之变，现在又要重演了。 ”